Действие игры разворачивается в далёком будущем на поверхности разрушенной глобальным катаклизмом планеты Навиика. Века прошли с тех пор как люди, преодолев многие сотни световых лет, обрели новый дом в этом цветущем мире. Спустя поколения испытаний и лишений единый народ Навиики смог достичь невиданых высот научного прогресса.

Впрочем Золотой Век знаний и прогресса быстро сменился кошмаром, названным выжившими Расколом. Сохранилось мало сведений о том, что именно послужило причиной катастрофы: полузабытые легенды рассказывают об ужасающих эпидемиях, унёсших жизни миллиардов; легионах разумных машин, обернувшихся против своих создателей; целых континентах внезапно превратившихся в отравленную, непригодную для жизни пустошь.

Великолепные города превратились в усеянные костями руины; колосальные орбитальные станции рухнули на поверхность, погребя под собой целые народы; войны, геноцид и неописуемые зверства отчаявшихся людей отбросили народ Навиики на многие столетия назад и теперь остатки человечества ведут ожесточенную борьбу за ресурсы и то не многое, что осталось от технологий их предков.

Сражения происходят среди разрушенных гигаполисов, над мертвыми пустошами, а также в редких уголках чудом сохранившейся живописной природы.